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Dans le testament de Saint Didier, évêque d'Auxerre de 603 à 631, il est question de Gigny ; ce fut une de ces terres que ce prélat légua à son église d'Auxerre.

Voici le texte : Similiter agrum Ganniacum situm in pago Tornodorensi, cum ædificius, mancipiis, et universis appendiciis suis. Le domaine de Gigny, situé dans le pagus de Tonnerre, avec ses édifices, ses esclaves et toutes ses dépendances.

Ce nom de Ganniacum a varié dans le cours des âges. On trouve : fin du XIe siècle, Janniacum ; en 1154, Janhiaco ; en 1188, Jaigni ; en 1190, Genncium ; en 1231, Geigniacum ; en 1244, Gigneium ; en 1283, ville de Geigni ; en 1523, Geigny et Gigny. En 1782 on peut voir une variation en Gigny-les-Fossés.

A partir du VIIe siècle, on ne rencontre plus aucun document sur ce village ; son existence reste plongée dans une profonde obscurité. Il faut aller jusqu'à la fin du XIe siècle, pour voir son nom reparaître dans les chartes.

Les chartes de Gigny concernent principalement trois fermes, savoir : Quincampoix, Sensuaire, La Vêvre, ou pour mieux dire les possesseurs de ces trois fermes.

Quand à l'histoire plus ancienne de la commune de Gigny l'Abbé Jobin, note grâce à des monnaies retrouvées, des traces de l'occupation romaine et du moyen-âge. Des ruines à un endroit de la prairie appelé Montmoreau sur une superficie de deux hectares, qui laissent à penser qu'il s'agit d'une métairie ou villa romaine datant du 2ème siècle après J.C. et détruite vers le 5ème siècle, puis sans doute reconstruite au Moyen-Age.